上海应用技术大学基础化学实验中心诞生于2000年，在具有50多年历史的原三所高校四大化学实验室基础上组建而成。基础化学实验中心是集实验课教学和实验室管理一体化的实体机构，实验中心负责全校化学实验课的教学组织、教学研究和实验室管理。基础化学实验中心下设无机化学实验室、分析化学实验室、有机化学实验室、物理化学实验室等四大基础课实验室以及玻璃仪器及纯水制备室，实现了人、财、物的集中管理，资源的统一配置和共享。2006年基础化学实验中心被评为上海市首批市级实验教学示范中心。
实验中心现有实验用房3000多平方米，仪器、设备近900件，总价值1000多万元，其中多功能热分析仪、红外光谱仪、原子吸收光谱仪、荧光光谱仪、高效液相色谱仪等万元以上的仪器设备70多件，价值500多万元。经全面改造、装修后的实验室用房宽敞，整体环境良好。
目前，基础化学实验中心有专任教师19名，其中教授2名，副教授6名，博士10名，硕士5名。为全校9个专业的学生开设了7大类实验课程，每年实验人时数为20多万学时。近年来，曾获得上海市教学成果奖1项，公开出版实验教材4本，自编实验讲义4本，发表教学及科研论文20余篇。通过对基础化学实验课程体系、教学内容、教学方法、教学模式的全面改革，使之成为我校的特色课程，在国内应用型本科院校中处于领先地位。