上海应用技术大学制药工程专业于2007年设置，为全日制本科，学制4年，授予工学学士。围绕上海及长三角区域制药行业人才需求，培养能够在制药行业胜任药品生产运行、质量管理、工程设计、工艺开发、技术服务和科学研究等相关工作，具备一定的国际视野的高素质应用创新型工程技术人才。目前，专业面向全国27个省（市、自治区）招生，近两年每年招收本科生70名左右。本专业还拥有制药工程专业二级学科硕士点和生物与医药等专业学位硕士点。
近年来，本专业围绕“教学成果导向”的教育理念，以工程教育认证为抓手，在前期积累的基础上，专业建设得到快速发展。2017年，获批上海市应用型本科试点专业建设。2019年，获批上海市级一流本科专业建设。2020年通过中国工程教育专业认证。2022年，获批国家一流本科专业建设。2022年，软科中国专业排名在全国排40名，排名层次为B+。
本专业拥有一支职称结构、学历结构和年龄层次合理的教学团队，共有专任教师25人，实验员3人，具有高级职称的教师人数比例为62%，具有博士学位的教师比例为95%。本专业教学团队曾获上海市“教育先锋号”、“上海市巾帼文明岗”等称号。专业责任教授吴范宏教授为上海市优秀学术带头人。
本专业具有完善的实验和工程训练等校内实践教学场所。院基础化学实验中心是上海市首批市级实验教学示范中心；制药工程专业实验室面积近1000平方米，还拥有“上海绿色氟代制药工程技术研究中心”、“上海药物合成工艺过程工程技术研究中心”两个上海市级工程技术研究中心、工程训练中心和虚拟仿真中心；并与岛津公司共建药物分析联合实验室。工程训练中心拥有中药提取中试生产线、乙醇蒸馏、煤制甲醇等大型实训生产线；虚拟仿真中心拥有多套药品合成、生产和制剂的仿真软件。
此外，学校还与上海医药集团共同建设“国家级工程教育实践基地”、与中石化共建“上海市示范性校外实习基地”等，与上海晟斯生物、上海苏豪逸明药业、上海药明生物有限公司等10多家企业共建校外实践基地，充分保障了学生的校外实习教学。
在学生就业方面，近三年制药工程专业本科应届毕业生的就业率达到99%以上，考研率为15％。部分同学就职于上海医药集团、国药集团、恒瑞医药、阿斯利康、巴斯夫、药明康德等中外知名企业以及小型创业公司。