院学科始于1984年获批的“应用化学（轻工有机合成）”二级学科硕士点，2011年获得“化学工程与技术”一级学科硕士授予权，2021年获得“化学工程与技术”一级学科博士授予权。同时，学院2010年还获批“化学工程”专业学位点，后在2019年调整为“材料与化工”工程专业学位点。其中，“应用化学”于2005年入选上海市重点学科；“化学工程”于2013年列入教育部“卓越工程师教育培养计划”试点专业；“化学工程与技术”一级学科于2015年入选上海市Ⅱ类高原学科，在全国第四轮学科评估中的结果为B-，软科中国最好学科连续三年排名稳定在前19%；支撑学科化学进入全球ESI学科排名前1%。

此外，学院还在生态学一级学科方向，以及生物与医药、资源与环境两个工程专业方向还享有招生权。

近年来，本学科紧密对接长三角区域一体化发展战略，围绕中央交给上海三大重点任务，服务于绿色化工、新药创制、清洁能源等产业发展所需，在化学工程、制药工程、应用化学、工业催化四个研究方向形成特色。

化学工程； 主要研究领域为绿色化学与清洁生产技术、电化学工程、石油化工等。在广谱柴油降凝剂、绿色高性能长寿命润滑油品及小型多功能生物柴油制备的连续反应器设计等方面具有优势，已获上海市自然科学二等奖1项、上海市科技进步二等奖2项。

制药工程： 主要研究领域为新药合成与设计、药物合成工艺、药物分析与质量控制等。在叶酸、氯吡格雷等十几种产品的绿色工艺开发与产业化方面形成特色，已获得省部级科技进步二等奖1项、三等奖1项。

应用化学：主要研究领域为表面处理化学与技术、绿色能源化学与纳米技术、精细化学品合成等，在绿色电镀技术的开发及应用、精细化学品的绿色合成等方面特色鲜明，已获得上海市科技进步二等奖1项、三等奖1项。

工业催化： 主要研究领域为催化新材料、清洁能源与催化、环境催化等，在高效新型催化剂研制及其工业放大、新型复合能源材料制备技术及汽柴油燃烧尾气污染控制等方面具有优势，已获得上海市技术发明奖一等奖1项。

本学科现建有国家级工程实践教育中心、上海市绿色氟代制药工程研究中心等省部级以上高水平支撑平台4个；近五年承担国家级项目30项，国家重点研发计划子课题1项；获省部级成果14项，一等奖4项；发表三大检索论文826篇；获国家专利授权330项。

目前，博士生导师5人，硕士研究生导师87人，其中获国家“万人计划”、 国家百千万人才工程人选等省部级以上人才23人次。在读硕士生618人，每年招生硕士生人数200余名。